Genomica & Bioinformatica

De basis voor elk succesvol veredelingsprogramma is het kennen van de genetische potentie van uw veredelingsmateriaal. Spadix helpt u om de genetica van uw genenpool te begrijpen.


Inzicht in plantgenomen en transcriptomen.

 

Wij bieden een breed scala aan diensten op het gebied van plantgenomica, waaronder genoom en transcriptoom sequencing. Onze diensten zijn gebaseerd op onze eigen Next Generation Sequencing faciliteiten, zoals nanopore technologie (bijv. PromethION), Illumina (bijv. NovaSeq) en PacBio (bijv. IsoSeq). De plantengenoom- en transcriptoomassemblages die wij genereren zijn van hoge kwaliteit en vormen de basis voor het opsporen van eigenschappen, ontwikkeling van moleculaire merkers en moleculaire veredeling.

 

Opsporen van eigenschappen

 

Dankzij onze eigen unieke technologie zijn wij in staat om snel genen of mutaties te identificeren die verantwoordelijk zijn voor bepaalde eigenschappen of fenotypen, zelfs in complexe genetische achtergronden. Onze technologie bestaat uit Next Generation Sequencing in combinatie met unieke bioinformatica pipelines. De geïdentificeerde genen kunnen gebruikt worden voor verschillende doeleinden, zoals moleculaire veredeling en bescherming van intellectuele eigendom.

 

Bioinformatica

 

Naast merkerontwikkeling, bieden wij ook diensen op het gebied van de novo genoomassemblage. Wij gebruiken hiervoor de Tulipa Julia assemblagesoftware, die is ontwikkeld door onze partners Future Genomics Technologies en het Instituut voor Biologie van Universiteit Leiden. Deze software is speciaal ontworpen voor complexe genomen, zoals polyploïden en grote genomen met veel repetitief DNA. Vergeleken met andere bekende assemblagesoftware is Tulipa Julia 50 keer sneller, waardoor hoge kwaliteit genoomassemblages kunnen worden geproduceerd op een snelle en kostenefficiënte manier.